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Tout savoir sur le variant Omicron avant les réveillons


Repéré pour ma première fois au Botswana le 11 novembre dernier, le variant Omicron (B1.1.529) s’est rapidement propagé à l’Afrique australe –notamment à l’Afrique du Sud, pays qui séquence beaucoup les souches du SARS-CoV-2. Depuis décembre, ce variant gagne également les États-Unis –où il représentait 73,2% d’un échantillon représentatif de virus séquencés à la fin de la semaine du 13 au 19 décembre– et l’Europe à grande vitesse, conduisant des pays comme les Pays-Bas à renouer avec le confinement.

En France, au 18 décembre, Omicron représentait 10,3% des tests criblés et on estime qu’il représente déjà 34,6% des cas, et plus de la moitié de ceux en Île-de-France. Au vu des chiffres, il devrait devenir rapidement majoritaire sur l’ensemble du territoire national. Mais que sait-on exactement de ce variant? Qu’ignore-t-on encore à ce jour? Et comment s’en prémunir au mieux?

Taux de reproduction supérieur à 10

Ainsi donc Omicron tend à supplanter Delta, tout comme Delta avait supplanté Alpha. Sans doute le SARS-CoV-2 aura-t-il saisi l’occasion de muter chez une personne immunodéprimée, possiblement positive au VIH. S’il est normal qu’un virus mute, tous les variants ne deviennent pas pour autant dominants. C’est la plus pure sélection darwinienne qui fait remporter les tournois aux nouveaux variants. Pour pouvoir se classer dans la compétition, il faut qu’ils soient plus transmissibles, c’est-à-dire plus contagieux, que la souche dominante en cours.

Voir sous nos yeux le variant Omicron remporter avec une telle rapidité la plupart des matchs internationaux auxquels il s’est invité nous indique qu’il est autrement plus contagieux que Delta. C’est d’ailleurs ce que montre le séquençage: ce nouveau variant contient trente-deux mutations dans la partie qui code pour la protéine de pointe, la protéine Spike, celle que le virus utilise pour entrer dans nos cellules. Nombre de ces mutations avaient déjà été détectées comme susceptibles d’augmenter la capacité du virus à venir s’accrocher aux cellules humaines, et donc à mieux infecter nos organismes.

On estime que la souche de Wuhan avait un taux de reproduction de base de 2-3 (vous souvenez-vous? c’est le nombre de personnes que l’on infecte en moyenne quand on est soi-même contaminé, en l’absence de toute intervention), que celui d’Alpha était de 4-6 et celui de Delta compris entre 6 et 8. Pour Omicron, on pense qu’il est désormais au-dessus de 10. Mais même ces chiffres vertigineux ne sont qu’un pâle reflet de la réalité. Souvenons-nous de la particularité des coronavirus qu’on appelle la «surdispersion du R0». Cela signifie que 80 à 90% des personnes infectées contaminent une personne ou moins. Donc ce sont seulement 10 ou 20% des personnes contaminées qui transmettent le virus à plusieurs personnes, et ce «plusieurs» peut rapidement grimper. Ils créent ce que l’on appelle des événements de super contamination.

Une seule personne peut transmettre le virus à quatre-vingts autres lors d’un seul événement.


C’est ce qu’il s’est passé dans un restaurant d’Oslo fin novembre. Cent vingt personnes, dont une revenue quelques jours auparavant d’un voyage en Afrique du Sud, sont réunies pour un dîner d’entreprise de fin d’année. Toutes avaient été vaccinées, aucune ne présentait de symptômes et elles avaient toutes réalisé un autotest négatif avant le repas. Pourtant, une semaine après, quatre-vingts convives sont testés positifs au variant Omicron. Cela signifie qu’une seule personne aura pu transmettre le virus à quatre-vingts autres lors d’un seul événement, et créer ainsi un important cluster en l’espace de trois ou quatre heures.

La bonne nouvelle, c’est que les participants à ce dîner n’ont pas développé de formes graves –seulement des syndromes grippaux bénins. La vaccination aura peut-être joué son rôle de prévention des symptômes sévères, même si les convives étaient jeunes, actifs, en bonne santé semble-t-il et probablement peu à risque de complications du Covid.

Plus contagieux mais moins virulent que Delta

Les rapports s’accumulent pour penser qu’Omicron serait moins virulent que Delta, et nous avons le droit de nous raccrocher à ces branches dans ce courant qui semblait nous entraîner toujours vers une situation pire que la précédente. Mais il est peut-être un peu tôt encore pour statuer définitivement sur la virulence d’Omicron.

En effet, les données rassurantes qui reviennent d’Afrique du Sud sont potentiellement partiellement biaisées, dans la mesure où le variant a touché d’abord des personnes jeunes et en bonne santé (le variant a été identifié d’abord chez des étudiants d’une université) puis le virus semble s’être heurté à des digues immunitaires qui ont résisté chez les populations plus âgées ou plus à risque, car elles étaient, en Afrique du Sud, presque toutes déjà vaccinées. En effet, si seule 30% de la population sud-africaine est vaccinée, c’est presque la totalité des plus de 60 ans qui sont doublement vaccinés, et beaucoup ont également fait le Covid, donc sont probablement bien immunisés contre le virus.

Ainsi, si aujourd’hui, il est encore un peu tôt pour affirmer que la virulence d’Omicron est moindre que celle de Delta, gardons à l’esprit que c’est une hypothèse plausible. Et déjà, la très bonne nouvelle, c’est que personne ne l’estime plus virulent. Reste qu’au vu de sa contagiosité, il risque mathématiquement, même s’il est moins virulent, en causant beaucoup plus de cas, de causer un nombre absolu encore élevé de cas graves, d’hospitalisations et de décès.

La troisième dose ne suffira pas

Cela serait d’autant plus vrai et plus inquiétant si deux doses de vaccin ne se révélaient pas suffisantes pour prévenir l’infection et surtout les cas graves. Est-ce le vaccin qui serait devenu inefficace en raison des mutations du virus, ou bien est-ce que les deux doses vaccinales conféreraient une protection insuffisante rendant une troisième dose nécessaire?

Acceptons ici de disqualifier a priori les discours des fabricants sur le sujet, car on est quand même en droit de suspecter que leurs positions ne sont pas totalement dénuées d’intérêts dans l’affaire. N’ont-ils pas affirmé bien vite qu’une nouvelle formulation serait nécessaire? On a bien sûr énormément besoin des fabricants et de leur savoir-faire pour mettre au point et développer nos médicaments et nos vaccins, mais peut-être pas pour s’immiscer dans le débat scientifique visant à établir si un nouveau vaccin est nécessaire ou si c’est juste une question de schéma vaccinal incomplet. Les fabricants sont compétents, mais la compétence dont on a besoin ici doit être au-dessus de tout soupçon.

Ces soupçons sont peut-être infondés, mais au moins, si des agences sanitaires publiques internationales constituent des groupes d’experts indépendants des fabricants, la confiance sera davantage au rendez-vous. Surtout sur ce type de questions. Or ici, justement, les experts des agences nous disent plutôt que la dose de rappel restaurerait une bonne protection contre les formes symptomatiques de Covid, une protection voisine de celle que ces vaccins avaient après deux doses, en sortant des essais cliniques contre la souche de Wuhan.

Même avec la troisième dose, une flambée risque fort de survenir si des mesures ne sont pas prises pour endiguer la progression d’Omicron.


Même si les études portent sur les formes symptomatiques et que nous avons besoin d’études sur les risques de transmission des patients infectés asymptomatiques, et aussi sur les formes sévères, c’est déjà une très bonne nouvelle qui nous donne envie d’attendre avant de nous jeter tête baissée dans la commande de vaccins reformatés pour ce nouveau variant qui n’est peut-être pas le dernier. Il est d’ailleurs très satisfaisant de voir le déploiement tambour battant de la campagne pour la troisième dose pour tous les adultes en France et bientôt peut-être pour les adolescents. Au 23 décembre 2021, 19.032.437 personnes avaient reçu la dose de rappel et, chaque jour, près de 160.000 personnes en reçoivent une.

Mais, évidemment, la prudence reste de mise et, comme l’a rappelé Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le 22 décembre: «Aucun pays ne pourra sortir de la pandémie à coups de doses de rappel et les doses de rappel ne sont pas un feu vert pour célébrer [Noël] comme on l’avait prévu.» En effet, il serait utopique (et finalement dangereux car potentiellement porteur d’une fausse sécurité) de tout miser sur les vaccins. Même avec eux, même avec la troisième dose, une flambée risque fort de survenir si des mesures ne sont pas prises rapidement pour endiguer la progression d’Omicron.

Multiplier les précautions pour le réveillon

L’objectif est en premier lieu de sécuriser (ou, faute de quoi, fermer) les lieux de super contamination qui sont globalement les lieux clos, mal ventilés, où l’on est sans masque, où l’on mange, boit et parle: bars, restaurants, clubs, salles de sport, etc. Sécuriser, c’est, outre le pass sanitaire puis vaccinal, améliorer la ventilation de ces lieux, instaurer une jauge et diminuer le temps passé sans masque. L’instauration d’un couvre-feu relève d’une décision politique qui viserait à mettre en œuvre la recommandation des scientifiques de limiter le temps passé dans ces endroits à risque, ainsi que les rassemblements privés nocturnes. Le télétravail obligatoire procède du même type de décision, visant à limiter les contaminations dans les transports et au travail.

Les autorités n’ont pas décidé en France d’instaurer de couvre-feu avant Noël et, afin de nous protéger et de protéger nos proches, il est demandé à la population de faire preuve de responsabilité individuelle pour réduire les risques de contamination. Tout d’abord, rappelons qu’il n’y a pas de risque zéro en la matière, à part peut-être l’abstinence, ou le Noël en visio. Bon, d’accord, ce n’est probablement pas ce que la majorité d’entre nous souhaitons. Vivre, n’est-ce pas prendre des risques calculés? Donc, si l’on veut vivre, c’est-à-dire recevoir ses proches, sa famille, ses amis, que pouvons-nous faire pour réduire ces risques au mieux?

Aucune des mesures que l’on recommande n’est efficace à 100%, il convient donc de les combiner le plus possible entre elles.


Tout d’abord, ne pas recevoir trop de monde dans un trop petit espace peu ventilé. Par exemple six à huit convives, enfants compris, quitte à fractionner les invitations, surtout en cas de repas intergénérationnels. Au mieux, tout ce petit monde sera vacciné (pour les plus de 5 ans) et même triplement vaccinés, au moins pour papy et mamie. Ensuite, chacun peut se faire tester, plutôt à l’aide d’autotests, pour éviter d’encombrer les pharmacies et les hôpitaux, juste avant toute réception, et ce, que l’on ait ou non des symptômes évocateurs du Covid, que l’on soit ou non vacciné. Dès lors que le test est positif, il est nécessaire d’aller confirmer cela par un test PCR et se mettre à l’isolement. Tant pis, Noël sera plus tard cette année pour ces malchanceux.

Parce qu’il existe des tests faussement négatifs, mais aussi qu’un test peut se positiver quelques heures plus tard, il est nécessaire de bien retenir qu’aucune des mesures que l’on recommande n’est efficace à 100% et qu’il convient donc de les combiner le plus possible entre elles. Il faudra alors bien aérer régulièrement la pièce (c’est l’occasion de sortir vos plus beaux pulls de Noël) et enfin de remettre le masque dès lors que l’on ne mange pas. Rappelons-le: aucune solution n’est absolument parfaite, mais c’est le cumul des mesures individuelles et collectives qui permettent de limiter la casse et d’espérer retrouver plus rapidement une vie plus «normale».

La qualité de l’air intérieur, la prochaine révolution pastorienne?

Pour terminer, en cette veille de Noël, sur une note peut-être un peu plus philosophique, presque épistémologique, c’est-à-dire de philosophie des sciences, nous vivons peut-être une période qui marquera un tournant dans l’histoire des maladies infectieuses et de nos modes de vie sociale. Le XIXe et le XXe siècles ont été ceux de la qualité microbiologique des eaux. Après la découverte épidémiologique du lien entre le choléra et la consommation d’eau de boisson contaminée par les eaux usées prélevées sans filtre dans la Tamise, John Snow a recommandé avec succès, en 1854, la fermeture de la pompe incriminée d’un bas quartier de Londres, à Soho. Par la suite, les travaux du médecin anglais ont été à l’origine, partout dans le monde, de grands travaux d’assainissement des adductions d’eau et de leur séparation des réseaux d’égouts avec le traitement des eaux usées.

Aujourd’hui se pose une question voisine concernant la qualité de l’air que nous respirons. Cela concerne la transmission du coronavirus et plus largement de tous les virus respiratoires par voie aérosol dans les locaux fermés, qui reçoivent des personnes et qui sont mal ventilés. Nous allons peut-être découvrir que nous étions restés dans nos années 2020 à l’heure pré-pastorienne vis-à-vis de l’air intérieur.

Les épidémiologistes qui réclament la fermeture des discothèques et des bars ne sont-ils pas les John Snow d’aujourd’hui? En fermant la pompe qui permettait d’abreuver les Londoniens, il ne réglait pas leur besoin d’eau potable, mais il supprimait le risque en pleine épidémie de choléra. La fermeture des discothèques, lieux intérieurs à haut risque, ne procède-t-elle pas du même principe d’urgence? Peut-être le jour est-il proche où les ingénieurs de nos bâtiments et de nos transports publics vont se pencher sur la qualité microbiologique de l’air que nous respirons.

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Demain n’est peut-être pas si loin où les locaux intérieurs publics et privés recevant des personnes bénéficieront d’équipements garantissant leur qualité microbiologique minimale, feront l’objet de normes sanitaires. Nous serons alors mieux protégés contre les germes et les virus qui se propagent dans les micro-gouttelettes de notre respiration, telles des effluves d’air usé que nous ne laisserons plus contaminer l’air que nous inhalons. Pour que souffle l’esprit (sain) de Noël dans nos maisons!



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